Има следи, че още в V век преди новата ера край Подгумер са живеели тракийските племена трери и тилатеи. По-нататък следите на уседнал живот в района на Подгумер се губят, за да се появят отново към 11-13 век, когато в софийско нахлуват много татарски племена, узи, кумани, печенеги, брендеи и др. Може би оттогава се е запазило името на една от махалите в с. Подгумер - Татарската.
.
Има различни предания за произхода на името на селото. Според едно от тях, селото дължи името си на първия заселник Гумер, установил се на високо място в полите на планината над езерото, което заливало Софийското поле. Плодородната целина под имота на Гумер била заета после от други пришълци, откъдето възникналото по-късно селище, получило и името си - Под Гумер.
През 40 години на 19 век възрожденският дух прониква и в запустелия по това време Подгумерски манастир. През1848 г. църквата е подновена и изографисана наново. Има сведения, че в манастира е отсядал апостолът на свободата Васил Левски, закрилян от подгумерски калугер, чието име не се помни, а е останало само нарицателното му название „белия калугер".